我國醫院的信息處理基本上還停留在手工方式，勞動強度大且工作效率低，醫師護士和管理人員的大量時間都消耗在事務性工作上，致使"人不能盡其才"；病人排隊等候時間長，輾轉過程多，影響醫院的秩序；病案、臨床檢驗、病理檢查等許多寶貴的數據資料的檢索十分費事甚至難以實現；對這些資料深入的統計分析手工方式無法進行，不能充分為醫學科研利用；在經濟管理上也因而存在漏、跑、錯費現象；醫院物資管理由于信息不準確，家底不明，積壓浪費，以致"物不能盡其用"。
完整的HIS系統實現了信息的全過程追蹤和動態管理，從而做到簡化患者的診療過程，優化就診環境，改變目前排隊多、等候時間長、秩序混亂的局面。如目前多數醫院就診必須經過掛號、等候病歷、劃價、收費、取藥或治療一系列過程，一個患者少則排3次隊，多則5、6次，用于過程性的時間最少在1個小時以上，若實施HIS以后，每個病人用于診療的中間過程性時間會大幅度減少；假定一家醫院門診人次為2000人次/天，年門診250天，每人少花費半小時，則日節約1000小時，一年節約36萬小時，其產生的社會效益和間接經濟效益是明顯的。同時HIS的實施也強化了醫院內部管理，降低了醫護人員的工作強度和時間，偽、冒、漏現象可以解決，也加速了資金周轉和減少藥品、器械等物資積壓。據估計如果全國有2000家醫院應用HIS，每年每所醫院增收節支、加速資金回籠和周轉、堵漏、減少物資積壓的回收資金方面的效益按20萬元估計的話(實際比這高)，則年效益估計為40億元，十分可觀。但這往往不被人所認識。當然建立HIS更主要的還在于它對醫院管理、醫療質量和醫學研究的長期效應帶來的綜合效益。因此HIS的投資一般需做基礎性投資，誠如任何機構的統計部門那樣，它是花錢的部門，但其重要性是公認的，投資也是必須的。HIS的效益遠遠超出醫院本身，因為完整的病人醫學記錄是醫學研究的重要信息資源，這類資源在手工作業環境下，大部分被拋棄了。
